Numerosos artistas retrataram a decapitação do Batista na lúgubre prisão do palácio de Herodes (cf. Mc 6,14-29). Entre eles esteve Michelangelo Merisi, chamado Caravaggio, que em 1608 realizou sua maior tela (361 × 520 cm), a Decapitação de são João Batista. Conservada na Concatedral de São João de Valeta, em Malta, é a única obra assinada pelo artista.
Naquela época Caravaggio estava foragido: havia dois anos pesava sobre ele uma condenação à morte por homicídio nos Estados Pontifícios. Refugiado primeiro em Nápoles, em 14 de julho de 1607 chegou a Malta, governada pela Ordem dos Cavaleiros de São João. Quem lhe encomendou a obra foi o poderoso Grão-Mestre, o francês Alof de Wignacourt.
Caravaggio conduz o espectador à escuridão da prisão. Sob um amplo arco de pedra consuma-se uma cena de morte e violência. No centro, o carrasco debruça-se sobre o corpo exânime do Batista, abatido no chão por um golpe de espada. Com a esquerda o segura pelos cabelos, enquanto com a direita extrai de trás do ombro o punhal destinado ao golpe final. Esta arma curta, chamada "misericórdia", servia precisamente para pôr fim à agonia dos condenados.
Da profunda ferida no pescoço do Batista o sangue escorre pelo chão. Na mancha vermelha toma forma a assinatura "f. Michelang[e]lo", na qual o "f" significa "frei" e alude à sua condição de Cavaleiro da Obediência Magistral, título reservado aos membros de origem não aristocrática.
Ao lado do carrasco, um impassível carcereiro ordena a uma jovem serva que aproxime a bacia destinada a recolher a cabeça. Entre os dois surge uma anciã que leva as mãos ao rosto num mudo grito de horror. À direita, atrás de uma janela gradeada, distinguem-se apenas dois homens observando a cena, provavelmente outros prisioneiros.
Uma luz suave mas intensa, que não provém de fontes naturais, envolve o drama e faz ressaltar a energia dos corpos nus do carrasco e do santo. O Batista jaz de bruços, com as mãos atadas atrás das costas. Um manto vermelho vermelhão o envolve, deixando entrever a característica pele de camelo.
À direita, a luz sobrenatural revela uma corda e uma argola de ferro cravada na parede, indícios do que acabou de acontecer: o prisioneiro foi desamarrado para ser executado. A espada do carrasco não conseguiu decepar-lhe a cabeça ao primeiro golpe e o deixou agonizante; por isso o homem, diante dos olhos dos presentes, empunha o punhal e se prepara para concluir a execução.
A luz guia a narração e ilumina o último suspiro do mártir. O sangue derramado sela o cumprimento de sua missão: preparar o caminho para Cristo, "o Cordeiro de Deus, que tira o pecado do mundo" (Jo 1,29).
Caravaggio identifica-se profundamente com o Batista: também ele vive sob uma sentença de morte. O pintor espera que o Papa possa comutá-la num ato de clemência e, sobretudo, confia na misericórdia de Deus para a sua própria salvação eterna.
O quadro destinava-se ao coro do oratório, construído sobre o cemitério onde eram sepultados os Cavaleiros, incluindo os martirizados pelos turcos. Ali os monges-cavaleiros reuniam-se para rezar e tomar decisões importantes. O martírio lhes recordava que sua árdua missão de libertar a Terra Santa e socorrer os cristãos reduzidos à escravidão pelos turcos podia exigir, a qualquer momento, o sacrifício da vida por Cristo.